Perimenopauza se često opisuje kao hormonalno razdoblje, ali u stvarnosti uključuje i duboke promjene u regulaciji živčanog sustava. Oscilacije estrogena i progesterona utječu na centre u mozgu koji reguliraju stres, san i emocije, zbog čega tijelo može ostati u stanju blage pripravnosti čak i kada nema stvarne prijetnje. Upravo zato simptomi poput nesanice, napetosti, osjetljivosti na podražaje ili bolova u tijelu nisu samo hormonski, nego i neurofiziološki odgovor organizma koji traži novu ravnotežu.